Detektif Conan menceritakan tentang Shinichi Kudo, seorang detektif SMA, yang tubuhnya mengecil akibat obat yang diberikan oleh sebuah organisasi misterius tanpa diketahui organisasi tersebut. Supaya identitas aslinya tidak diketahui organisasi tersebut, Shinichi menyamar sebagai Conan Edogawa, dan tinggal di Kantor Detektif Kogoro Mouri. Conan (atau Shinichi) telah banyak membantu Kogoro memecahkan kasus, sehingga Kogoro menjadi detektif terkenal.